8ème édition des journées RESAMA (2025, Toulouse)
Règlementation
Le recours aux animaux à des fins scientifiques entre éthique, réglementation et exemplarité : pour un vade mecum de l'expérimentation sur des espèces marines et des pratiques de recherche respectueuses de la bien traitance animale à l'Ifremer
(25 min)Aude VIGOT, IFREMERA mesure que la recherche progresse, naissent des questionnements éthiques. En effet, les connaissances que la recherche a apportées, en particulier en ce qui concerne la sentience des animaux, démontrent le besoin de respecter les animaux et leur bien-être. En découle la nécessité que la recherche elle-même tienne compte du bien-être animal dans ses pratiques. Cette présentation fait état des connaissances actuelles en matière de sentience chez les animaux marins, et rappelle les notions de bien-être animal et de bientraitance.
Nous présenterons ensuite le guide pratique créé à l'Ifremer (Institut français de recherche pour l'exploitation la mer), destiné à tous les personnels ayant recours à des animaux au sein de l'institut. Ce document a pour objectif de consigner les obligations réglementaires relatives à l'utilisation d'animaux marins à des fins scientifiques, et, pour les espèces et/ou activités que la loi ne concerne pas, de mettre en avant les questionnements éthiques soulevés par les chercheurs, et les réponses déjà̀ apportées à ces questionnements par l'Institut. Enfin, il expose les pistes de réflexion qui pourraient encore améliorer le bien-être des animaux utilisés.
3R Raffinement des pratiques de manipulation de la faune sauvage
Anesthésie des poissons sauvages en milieu naturel : de la théorie vers la réalité
(15 min)Sylvie TOMANOVA, Office français de la biodiversitéAlors que dans les conditions contrôlées du laboratoire (température et qualité physico-chimique de l'eau), l'anesthésie des poissons est plutôt aisée, son application sur le terrain, en milieu naturel, peut être parfois compliquée. D'une part, les conditions physico-chimiques sont très variables d'un site à l'autre, au cours de la saison ou de la journée, et cela peut augmenter le risque de mortalité des poissons anesthésiés, même si les doses prescrites sont respectées. D'autre part, l'anesthésie sur le terrain implique bien souvent de travailler avec plusieurs espèces et plusieurs individus de tailles différentes qui peuvent réagir différemment aux doses recommandées. En 2025, nous avons mené une étude dans le cadre d'une thèse vétérinaire dont l'objectif était de réaliser une analyse comparative des différents produits disponibles pour anesthésier les poissons afin d'évaluer leurs bénéfices et inconvénients pour les poissons, l'environnement, l'opérateur et le consommateur dans le cadre d'une éventuelle re-capture a posteriori. L'étude a également permis de clarifier la conformité réglementaire des divers méthodes utilisées. Une enquête a été réalisée auprès des opérateurs de terrain travaillant sur diverses espèces de poissons d'eau douce et utilisant plusieurs produits différents pour recueillir leur retour d'expérience aussi bien positifs que négatifs. Les résultats de l'enquête seront formalisés sous forme d'un guide pratique afin de partager et d'enrichir le savoir-faire collectif (partage de bonnes pratiques d'anesthésie, concentrations/espèce, précautions à prendre). La présentation se focalisera principalement sur la restitution de l'enquête réalisée.
Améliorer le bien-être animal en marquage individuel : la prise en compte de la durée dans les méthodes de raffinement
(20 min)Thomas TRANCART, Centre de recherche et d’enseignement des systèmes côtiersEn écologie aquatique comportementale, les suivis individuels représentent une part importante des méthodes utilisées. Avec les avancées technologiques, un grand nombre de technologies à vu le jour les dernières années : télémétrie acoustique, radio, satellite, RFID, etc. Le point commun entre toutes ces méthodes est de devoir 1- capturer les individus à étudier et 2 - les équiper d'un émetteur.
Avec la réglementation sur l'UAFS, les avancées dans les pratiques, l'évolution des mentalités, de nombreuses méthodes de raffinement ont été rajoutées et sont maintenant utilisées. Ces méthodes additionnelles, si elles sont intéressantes sur le principe, ont comme principal impact de rajouter du temps de manipulation.
A travers un exemple concret, nous proposons de discuter sur la balance bénéfice / coût des nouvelles méthodes de raffinement en marquage individuel sur espèce aquatique.
Approche 3R dans le choix d'un modèle
Reprogrammation métabolique liée à l'âge chez le African turquoise Killfish (Nothobranchius furzeri)
(15 min)Ambroise JEZEQUEL, Institut RESTORE, Université Paul Sabatier-Toulouse IIIAlors que la durée de vie humaine augmente, cette longévité accrue s'accompagne d'une incidence croissante des maladies et altérations associées au vieillissement, souvent liée a un dérèglement métabolique. Cependant, l'évolution du métabolisme spécifique à chaque organe au cours du vieillissement reste mal caractérisée. Le African turquoise Killifish (Nothobranchius furzeri, ci-après dénommé ATK) un modèle émergeant de vertébré à courte durée de vie, offre une occasion unique d'étudier les processus de vieillissement systémique. Nous étudions ici la reprogrammation métabolique liée à l'âge dans ce modèle à l'aide d'un traçage isotopique stable in vivo avec de glucose 13C uniformément marqué et de la métabolomique quantitative ciblée. Les expériences ont été menées en comparant des ATK mâles adultes jeunes et âgés, avec administration de glucose par infusion dans l'eau. L'analyse par spectrométrie de masse de l'incorporation du 13C dans divers métabolites a permis de cartographier l'absorption et l'utilisation du glucose dans divers organes (foie, muscles, cerveau) mais aussi d'émettre des hypothèses sur les dialogues métaboliques via l'analyse du plasma. Le profilage des métabolites a révélé des changements distincts liés à l'âge au niveau du contenu dans tous les tissus. Malgré l'âge, une faible dépendance au métabolisme au glucose a été observée de manière constante, ce qui suggère que d'autres substrats, tels que les acides aminés et les acides gras, pourraient jouer un rôle prépondérant. Il est intéressant de noter que nos résultats suggèrent également un dialogue métabolique médié par le lactate entre les tissus oxydatifs et glycolytiques.
Ce travail établit un cadre méthodologique pour les études métaboliques chez l'ATK, ou d'autres modèles aquatiques et fournit des informations sur le remodelage métabolique spécifique à l'âge et aux tissus. Ces résultats contribuent à la compréhension de l'évolution du métabolisme liée à l'âge dans ce modèle émergent du vieillissement des vertébrés.ATaK-AGE : Atlas d'anatomopathologie de l'African Turquoise Killifish
(15 min)Bérengère SOLOMIAC Institut RESTORE Université de Toulouse, CNRS
ERL5311, EFS, INP-ENVT, Inserm U1031, UPSAvec la constante augmentation de la durée de vie de l'homme, la prévalence des pathologies liées au vieillissement suit la même tendance, ce qui devient un véritable problème de santé publique. Pour étudier le vieillissement, un modèle préclinique très innovant a été implanté à l'institut RESTORE : le poisson African Turquoise Killifish (ATK). Il présente spontanément une durée de vie courte, de seulement 8 mois et un vieillissement holistique multi-organes très rapide en miroir de celui de l'homme. Malgré l'utilisation croissante de ce modèle générant de nouvelles découvertes significatives dans le domaine du vieillissement, une question brûlante concernant l'ATK reste sans réponse : « quelles sont les principales causes de la mort du Killifish ? » Seule une étude dédiée d'anatomopathologie peut permettre de répondre à cette question. Pour répondre à cet objectif, le biobanking d'un grand nombre d'individus est en cours au LabHPEC (laboratoire d'histopathologie expérimentale et comparée de l'Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse), partie prenante de l'institut RESTORE. Dans ce cadre, un consortium international impliquant 20 laboratoires répartis sur 4 continents est en cours de structuration pour collecter des échantillons de façon très large et rapide, et organiser un réseau de pathologistes vétérinaires impliqués dans l'étude de cette espèce ! Les lames virtuelles des tissus et poissons entiers vont être regroupées sur une plateforme de microscopie virtuelle permettant des annotations partagées par le consortium et la constitution d'un atlas numérique des tissus physiologiques et pathologiques sur un site web. Ce travail scientifique collaboratif international donnera la possibilité aux étudiants, enseignants, aquariophiles, vétérinaires ou scientifiques d'avoir accès à de nombreuses données originales, afin de mieux comprendre les trajectoires de vieillissement et les pathologies associées de ce modèle fascinant.
Communauté - Présentations de structures agréées
Présentation de l'élevage de médakas de l'INRAe d'Aix-en-Provence : dispositifs en microcosmes et mésocosmes pour l'étude des effets du réchauffement climatique
(15 min)Rémy LASSUS, INRAE RECOVER, Aix-MarseilleL'équipe FRESHCO, rattachée à l'unité RECOVER de l'INRAE à Aix-en-Provence, étudie depuis plus de dix ans les effets du réchauffement climatique sur les écosystèmes d'eau douce. Pour cela, elle s'appuie sur une plateforme expérimentale basée sur l'élevage de médakas en aquariums, dans des pièces à température contrôlée. Ce dispositif permet d'analyser l'impact de la température sur de nombreux paramètres à l'échelle individuelle et populationnelle, tels que les traits d'histoire de vie, la physiologie, le métabolisme ou encore le comportement.
En parallèle, un ensemble de 25 mésocosmes de 1000 litres chacun permet de reconstituer des réseaux trophiques incluant ces poissons, dans le but de mieux comprendre comment le réchauffement modifie la structure des communautés et influence les trajectoires écologiques des lacs.
La particularité de nos travaux implique également une approche spécifique en matière de bien-être animal. En effet, notre élevage constitue en soi une expérimentation à long terme, devant répondre à la fois aux exigences réglementaires et aux objectifs scientifiques. Aussi, les mésocosmes présentent de nombreux avantages en matière de bien-être animal, en offrant un environnement plus naturel et moins contraignant pour les poissons. C'est dans cette direction que nous souhaitons orienter nos travaux à l'avenir, en développant au maximum l'usage de ces dispositifs. Néanmoins, un élevage en aquarium reste indispensable pour répondre à certaines problématiques scientifiques spécifiques, nécessitant un contrôle précis des conditions expérimentales.
3R Enrichissement des conditions d'élevage
Conception d'un enrichissement structurel pour zebrafish : la barrière visuelle
(15 min)Sophie NUNES-FIGUEIREDO, ICM, ParisL'enrichissement structurel représente un levier essentiel pour améliorer le bien-être des
animaux modèles élevés en captivité. Cependant, les dispositifs actuellement disponibles sur le
marché pour l'espèce Danio rerio (zebrafish) présentent plusieurs limites : risque sanitaire,
ingestion accidentelle de matériaux, maintenance difficile ou encore coûts élevés.
Le zebrafish, espèce sociale, manifeste parfois des comportements de dominance, notamment
lors de l'alimentation. Ces comportements peuvent aller jusqu'à des interactions agressives,
sources de stress pour les individus les plus faibles.
C'est en observant le comportement social des autres espèces hébergées dans notre institut
(xénope, rongeurs, primates non humains) qu'est née l'idée de développer un enrichissement
structurel simple et efficace : une barrière visuelle partielle, installée dans les aquariums
permettant de moduler les interactions sociales (les déplacements des poissons et donc leurs
interactions), notamment au moment de la prise alimentaire.Ce dispositif permet :
• une libre circulation des poissons d'un côté à l'autre de l'aquarium,
• de modifier leur perception de l'environnement,
• de favoriser les comportements exploratoires,
• de réduire les comportements agressifs,
• de limiter le stress, notamment chez les individus dominés.Développé de manière collaborative au sein de notre Structure chargée du Bien-Être Animal
(SBEA), ce projet a mobilisé les compétences complémentaires du personnel plateforme et
zootechnique, de la plateforme RnD Unit (fablab), et des équipes de recherche de l'Institut du
Cerveau.
Ce travail s'inscrit pleinement dans la démarche des 3R, et plus particulièrement dans l'approche
de Raffinement des conditions d'hébergement du zebrafish.
Satisfaits des premiers effets bénéfiques observés avec les mises en place de cet enrichissement
dans notre animalerie, nous souhaitons donc le partager avec la communauté aquatique, afin
que chaque animalerie puisse accéder à une solution simple, économique et efficace pour, nous
le pensons, raffiner l'hébergement des poissons et améliorer ainsi leur bien-être.
Carte blanche : GT Vibrasson
Impact du bruit anthropique sur le développement embryonnaire et la capacité de prédation chez le seiche commune, Sepia officinalis
(15 min)Gaëtan SCHIRES, Station Biologique de Roscoff CNRSLa Directive de l'Union Européenne du MSFD (Marine Strategy Framework Directive) identifie les bruits sous marins comme une préoccupation environnementale importante, soulignant la nécessité de maintenir des niveaux de bruit qui ne nuisent pas aux écosystèmes marins (MSFD 2008/56/CE). Le transport maritime a considérablement augmenté les niveaux de bruit sur les principales routes de navigation au cours des 50 dernières années. Compte tenu de l'évolution rapide du paysage sonore océanique, il est urgent de mener des recherches plus approfondies sur les effets du bruit anthropique sur la vie marine. Ces recherches sont essentielles pour élaborer des politiques efficaces et protéger la santé des océans. Actuellement, la plupart des études se concentrent sur l'effet des sons sur les vertébrés (cétacés et pinnipèdes). Pour bien comprendre et atténuer les effets de la pollution sonore, il est essentiel d'élargir le champ de la recherche pour inclure un plus large éventail d'espèces et de fréquences sonores. Malgré leur importance écologique et économique, l'impact de l'augmentation du bruit anthropique sur les céphalopodes a été relativement peu étudié. Cette étude tente d'apporter des élements de réponse.
Table ronde : Son et bien-être animal
(50 min)Gaëtan SCHIRES, Station Biologique de Roscoff, Frédéric Sohm, Institut de
Génomique Fonctionnelle de LyonLe son et les nuisances sonores en animalerie sont des problématiques souvent négligées. L'impact sur les animaux peut être important. Afin de présenter le nouveau groupe de travail Vibrasson dédié à la gestion du son et des vibrations dans les animaleries aquatiques, nous proposons une table ronde sur ces thématiques et leur importance dans la gestion du bien-être animal des espèces aquatiques.
Utilisation des animaux à fin scientifique
Contrôle officiel des établissements utilisateurs
(25 min)Marion FEYT, DDPP31Agrément au titre de l'article R214-99 du CRPM et contexte des contrôles officiels. Points de contrôles prioritaires et suites données aux contrôles.
Statistiques d'utilisation des animaux aquatiques dans la recherche
(25 min)Cyril TURIÈS, Ministère chargé de l'enseignement supérieur et de la rechercheUn bilan des chiffres d'animaux utilisés en recherche en France et en UE jusqu'à 2023 sera présenté, avec un focus sur les espèces aquatiques ainsi que leur évolution sur les dernières années.
Amélioration des systèmes d'élevage
Amélioration des techniques de stabulation en captivité de Sardina pilchardus
(15 min)Victor SIMON, Laboratoire des Sciences de l’environnement Marin (LEMAR)Sardina pilchardus, poisson osseux pélagique et grégaire, se nourrit principalement de plancton. Son aire de distribution s'étend, en Atlantique Nord-Est, de l'Islande au Sénégal, et inclut également la mer Méditerranée et la mer Noire. Le maintien de cette espèce en captivité demeure un véritable défi : à ce jour, ni son cycle de vie complet ni les pratiques zootechniques associées ne sont pleinement maîtrisés. En conditions de laboratoire comme en aquarium, la survie des sardines est souvent compromise par un stress important et une mortalité élevée. Dans le cadre du projet OMEGA, nous avons collaboré avec Océanopolis afin d'identifier les paramètres clés susceptibles d'améliorer le bien-être et la survie de S. pilchardus en captivité. Cette présentation vise à partager notre retour d'expérience sur le maintien de sardines en conditions expérimentales et à exposer les leviers d'action, élaborés conjointement avec l'aquarium Océanopolis, permettant d'optimiser les pratiques zootechniques pour cette espèce particulièrement sensible.
Appels d'offre et formations
La formation Faune Sauvage Non-Hebergée du MNHN-CNRS-OFB : ExpeFS
(25 min)Thomas TRANCART, Direction de la formation Muséum National d'Histoire
NaturelleDans cette brève communication, nous présenterons la formation ExpeFS, copilotée par le Muséum national d'Histoire naturelle, le CNRS et l'OFB.
Cette formation a pour but de former les scientifiques à travailler sur la Faune Sauvage Non-Hébergée dans le cadre de l'Utilisation des Animaux à des Fins Scientifiques.
Nous présenterons la formation actuelle, ses taxons et les différentes modalités de formation proposées (formation initiale, formation continue / maintien de compétence, extension à d'autres groupes taxonomiques), ainsi que taxons en cours d'ajout (modèles aquatiques).
COMAQUA : la commission des espèces aquatiques de l'Association Française des Sciences et Techniques de l'Animal de Laboratoire
(15 min)Aurélien DROUARD, membre du bureau ComAquaL'AFSTAL est une association française loi 1901, fondée en 1972, au service des personnes impliquées dans l'utilisation des animaux à des fins scientifiques pour les aider à se former, s'informer et diffuser leur savoir-faire dans ce domaine, le but étant d'adopter une conduite éthique et d'améliorer les projets in vivo.
Au sein de cette association, la COMAQUA est la commission dédiée à l'utilisation d'animaux aquatiques à des fins scientifiques. La COMAQUA, composée d'experts de terrain représentants des organismes des secteurs publiques et privés, a pour objectifs de diffuser les avancées récentes dans le domaine du bien-être animal, de proposer un réseau d'échange et de communication entre professionnels du domaine, qu'ils travaillent en laboratoire ou en milieu naturel, et de participer à la mise à jour des compétences techniques et règlementaires à travers de nombreuses actions.
Les appels d'offre du GIS FC3R
(15 min)Frédéric SOHM, Institut de Génomique Fonctionnelle de LyonLe GIS FC3R organise de manière régulière des appels d'offres pour des projets de recherche dédiés à la mise en oeuvre des 3R (Raffiner, Réduire, Remplacer) en expérimentation animale. Ces appels d'offres peuvent permettre de significativement améliorer le bien-être des animaux utilisés à des fins scientifiques. La présentation présentera rapidement les appels d'offres du GIS FC3R et fournira des indications sur la façon de répondre efficacement à ces appels d'offre.
Recherche participative - Aquarium Public
Beachage en tant que nouveau concept adapté aux pseudo-échouages d'élasmobranches sur les côtes françaises: structuration d'un réseau d'intervention et formalisation d'un protocole
(15 min)Emmanuel LEGUAY, VETOFISHLe Réseau National des Echouages (RNE) géré par PELAGIS s'est structuré en réponse à la nécessité d'encadrer et valoriser scientifiquement les accidents impliquant les cétacés qui s'exondent sur les côtes maritimes françaises. Sans être aussi fréquents, ce type d'incident implique aussi avec une prévalence (apparemment) croissante des élasmobranches (requins ou raies) qui sont de plus en plus observés dans de très faibles profondeurs, notamment sur les plages. Néanmoins, à l'inverse des cétacés qui peuvent respirer à l'air libre, leur respiration aquatique semble limiter leur exondation totale. Ce critère suggère le recours au terme « beachage » de l'anglais « beach » qui signifie « plage », dont les animaux s'approchent sans forcément s'échouer. Ce processus -se terminant le plus souvent par la mort de l'animal- présente des enjeux :
- de sécurité : avec des risques de morsures -s'agissant des requins-, en particulier lorsque des témoins tentent de venir en aide à l'animal ;
- de risque épidémiologique : avec la possibilité d'implication de pathogènes à l'origine de zoonoses ;
- de conservation : s'agissant d'animaux avec des statuts de grande vulnérabilité (que ne reflète pas leur statut juridique) ;
- de gestion pratique : notamment concernant l'encadrement et la prise en charge de l'équarissage.A ce jour, aucun réseau structuré et performant n'existe et mérite donc d'être développé, afin de capitaliser des informations à caractère scientifique permettant de mieux comprendre et potentiellement mieux gérer ce type d'incidents. La structuration de ce réseau entend -autant que faire se peut- s'effectuer en synergie avec le RNE et en s'appuyant sur les personnes physiques et associations déjà impliquées sur les beachage d'élasmobranches (telles que AILERON, APECS, Groupe Phocéen des Requins, Shark Education, Shark Mission France). L'émergence récente du Groupe Technique Raies&Requins de l'association Vétérinaires pour la Biodiversité (VPB) peut être un atout dans ce contexte en mobilisant les vétérinaires qui détiennent une expertise avérée et une légitimité juridique sur la gestion des beachage et la documentation scientifique des potentielles autopsies. Ils pourraient contribuer à l'amélioration et la mise en œuvre (via l'édition d'outils et des formations) des protocoles de gestion des beachages.
Concernant la structuration à termes du réseau B2R, l'approche qui a fait ses preuves pour le RNE semble la plus pertinente, avec un tryptique composé :
- d'un dispositif d'acquisition de données mis en œuvre par des intervenants formés et compétents
- d'une coordination scientifique qui pourrait être assumée par l'UAR3278 CRIOBE (Perpignan)
- d'une gouvernance assurée par un comité de pilotage composé de membres relevant des institutions de gestion (notamment MTE, OFB), de la sphère scientifique (notamment CRIOBE, MARBEC, MNHN) et du monde associatif (AILERON, APECS, Groupe Phocéen des Requins, Shark Education, Shark Mission France, VPB, etc.)Cimenter les relations entre chercheurs et associations pour augmenter la puissance des projets, l'exemple de la Société herpétologique de France
(15 min)Audrey TROCHET, Société Herpétologique de FranceRapprocher les différents acteurs autour d'un même projet peut parfois être un vrai challenge, notamment lorsqu'il s'agit de conservation d'espèces protégées. A l'interface entre les chercheurs, les bureaux d'études et les structures associatives, la Société herpétologique de France, association nationale référente en herpétologie présentera les étapes clés de la réussite d'un projet de conservation. Fédérer l'ensemble des acteurs et des compétences autour d'une même problématique permet d'augmenter la puissance des résultats des projets qui en découle. Toutefois, il est souvent difficile de réunir tous les acteurs venant de différents secteurs, ayant des enjeux et des impatifs divergents, menant parfois à de l'incompréhension, du relationnel difficile et de la priorisation des actions opposée. Connaitre le réseau global des acteurs qui gravite autour d'une thématique est souvent une des clés pour la réussite de tels projets. Face au déclin des espèces, il est crucial de désanctuariser les différents acteurs de la conservation afin de les faire converger vers des projets communs.
Modèle de remplacement
Conception, suivi et maintenance d'un système d'élevage de méduses à l'Aquarium de Biarritz
(15 min)Rémi DARDARE, Aquarium de BiarritzTantôt redoutées pour leur piqures, tantôt admirées pour leur grâce hypnotique, les méduses restent encore largement méconnues. Pour faire connaître ces créatures gélatineuses au plus grand nombre, l'Aquarium de Biarritz s'est doté d'une exposition qui leurs est dédiée, doublé d'un laboratoire d'élevage pour s'assurer l'autonomie des approvisionnements.
Raffinement des protocoles
Étude par imagerie du contenu stomacal de requins tigre non captifs : détection de structures osseuses
(15 min)Bertrand LACROIX, CRIOBE CNRS-EPHE-UPVDLors de morsures motivées par la prédation, les grands requins tels que le tigre (Galeocerdo cuvier) ingèrent généralement des os (en particulier des membres). Dans le cadre des pêches mises en œuvre suite à une morsure fatale, le recours à des protocoles co-responsables vise à ne neutraliser que le requins ayant mordu tout en épargnant les autres. Une solution technique innovante consisterait à effectuer in situ une radiographie centrée sur l'estomac du squale afin de déterminer la présence d'os signant la responsabilité suspectée du requin. Dans ce contexte, une collaboration avec une entreprise commercialisant des appareils de grande taille adaptés à la radiographie équine a été entreprise pour finaliser un prototype adapté aux requins, en i) imperméabilisant la plaque d'impression et ii) élaborant un berceau permettant la contention efficace de l'animal qui doit resté immergé (au moins partiellement) lors de la manipulation. Outre le marché (restreint) de la gestion du risque requin, un tel appareil pourrait intéresser des scientifiques impliqués sur l'étude des grands squales.
Communauté - Présentations de structures agréées (2nd session)
L'animalerie Faune Sauvage de la station marine de Dinard du MNHN : un outil pour la recherche en milieu naturel
(10 min)Jézabel LAMOUREUX, MNHNLe Muséum national d'Histoire naturelle dispose de deux stations marines. Parmi elles, la station marine de Dinard possède une animalerie aquatique agréée Etablissement Utilisateur Utilisant des Animaux à des Fins Scientifiques.
Cette animalerie est un outil clé, autant pour des études expérimentales en laboratoire que pour des études in-situ.
A travers plusieurs exemples, nous proposons d'illustrer comment une animalerie expérimentale peut aider la recherche en milieu naturel.
La recherche avec les poissons zèbres à l'EPFL
(10 min)Florian LANG et Steeve WILLIAUME, Centre de PhénoGénomique CPG - EPFL - Rte Cantonale, 1015 Lausanne, SuisseCette présentation est consacrée à la recherche menée à l'EPFL en utilisant le poisson zèbre comme modèle. Nous introduirons d'abord le cadre de travail : la présentation de l'école, l'infrastructure de l'animalerie, l'équipe ainsi que nos activités.
Nous présenterons ensuite deux projets :
PROJET 1 : Observer sans déranger : suivi automatisé
PROJET 2 : Rétention d'ovocytes : un défi lié au bien-être
L'objectif est de démontrer comment l'EPFL exploite ce modèle pour des avancées scientifiques et technologiques.
Préservation des ressources génétiques
Mise en place d'un service de cryopréservation de sperme de poisson-zèbre
(15 min)Charlotte BUREAU, Laboratory of Pathogen and Host Immunity (Montpellier)Au cours des dix dernières années, l'utilisation du poisson zèbre en tant qu'organisme modèle a considérablement augmentée, c'est pourquoi il est nécessaire d'améliorer la gestion des lignées dans nos structures en mettant en place la cryopréservation.
Il s'agira de vous présenter la mise en place du service de cryopréservation au sein de la plateforme ZEFIX de Montpellier.
Retour sur plus de 20 ans de cryoconservation
(15 min)Sébastien BEDU, Unité de Neurogénétique du poisson zèbreRetour d'expérience sur cryoconservation de Zebrafish dans une équipe de recherche qui a plus de 20 ans d'existence.
Cryoconservation des ressources génétiques aquatiques : quelle méthode de cryoconservation, quel support cellulaire cryoconserver, quels modes de régénération des individus
(25 min)Catherine LABBE, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (UR1037 LPGP)La cryoconservation de matériel biologique à des fins de conservation de ressources génétiques impose que les cellules congelées gardent leur aptitude à régénérer des individus intègres à l'issue de la procédure de congélation, stockage au froid, décongélation et développement. Cela suppose que les dommages induits par le choc froid et par la cristallisation extra et intracellulaire soient contrôlés par une vitesse de congélation et des cryoprotecteurs perméants et imperméants adaptés. Adopter une méthode de congélation par cristallisation (congélation lente) ou par vitrification (congélation ultra-rapide) fait partie des choix stratégiques à réaliser en fonction de l'équipement disponible et de la résistance des cellules. Ensuite, le stockage du matériel dans l'azote liquide (à -196 °C) est à ce jour la méthode la plus fiable pour stabiliser l'état de dormance du matériel biologique, même si des solutions sans azote existent.
Le choix du type cellulaire à cryoconserver revêt également une importance stratégique pour envisager la préservation d'un patrimoine génétique donné, et assurer la restauration d'une lignée. Chez les poissons, les spermatozoïdes, les cellules somatiques et les cellules germinales souches sont aptes à supporter la cryoconservation et sont des candidats cellulaires fiables pour l'intégration en cryoconservatoires (cryobanques). En revanche, les ovules et les embryons entiers de poisson ne sont pas cryoconservables du fait de la complexité du compartiment vitellin. Cela empêche une restauration directe des individus à la décongélation, et différentes méthodes de restauration sont alors à adapter au type cellulaire cryoconservé : la fécondation à partir du sperme ne permet de restaurer que 50 % du génome nucléaire à chaque génération si les ovules utilisés proviennent d'une autre lignée, et le génome mitochondrial d'intérêt porté par le spermatozoïde est perdu ; les cellules somatiques peuvent soutenir le développement d'un individu nouveau grâce à leur injection dans un ovule receveur, par la technologie du transfert nucléaire, mais cette méthode est actuellement peu utilisable en pratique du fait d'importants défauts de reprogrammation de la chromatine embryonnaire ; les cellules germinales souches, quant à elles, sont actuellement le seul support cellulaire qui permette la restauration de l'entièreté du génome d'intérêt (nucléaire et mitochondrial), ainsi que d'obtenir des ovules à partir de matériel biologique cryoconservé. En effet, ces cellules souches une fois décongelées peuvent initier une gamétogénèse complète et produire des gamètes fonctionnels suite à leur greffe dans les gonades d'individus immatures receveurs, stériles de préférence. Pour autant, la restauration par greffe est plus exigeante techniquement que ne l'est la fécondation avec du sperme cryoconservé.
Ainsi, un ensemble de technologies et de pratiques de pointe ont été mises au point et sont toujours en cours d'amélioration ou d'adaptation à de nouvelles espèces de poisson, pour permettre de sécuriser en cryobanque le patrimoine génétique des lignées produites pour la recherche, ou à des fins aquacoles.
Ateliers
Ateliers RESAMA
Visites animalerie (Aurore Laire – CBI)
Gestion sanitaire (Emmanuel Meunier- VETOFISH)
Cryoconservation (Charlotte Bureau ZEFIX – LPHI /Catherine Labbé LPGP Rennes)
Demande de financement FC3R (Frederic Sohm IGFL ENS Lyon)
Replacement (Gaëtan Schires FR2424, Station Biologique, Station biologique de Roscoff).Atelier n°8 : Emmanuel Meunier, Laurent Legendre
La gestion sanitaire des animaux aquatiques utilisés en recherche scientifique repose sur un ensemble intégré de mesures organisationnelles, techniques et scientifiques visant à garantir leur bien-être, la validité expérimentale des travaux et la sécurité du personnel. Elle s'appuie sur trois piliers principaux : la surveillance environnementale, la surveillance clinique et la biosécurité quotidienne.
Les paramètres de qualité d'eau, la détection précoce des anomalies comportementales et l'entretien rigoureux des installations constituent les premières lignes de prévention. Le concept d'unité épidémiologique (UE), défini comme l'ensemble des systèmes aquariologiques partageant une même eau ou présentant un risque de contamination croisée, est central pour la mise en œuvre de mesures cohérentes de biosécurité et de suivi.
Un programme harmonisé de surveillance sanitaire, élaboré en concertation internationale (FELASA, AALAS), distingue les agents pathogènes à dépister fréquemment (SMOP – Screen More Often Pathogens) de ceux relevant d'une veille épidémiologique (SLOM – Screen Less Often Microorganisms), afin d'adapter la fréquence des contrôles au risque réel.
Deux outils complémentaires facilitent la standardisation et le partage d'informations : la fiche descriptive d'animalerie (« Fish Health Monitoring Description ») et le rapport de surveillance sanitaire (« Health Monitoring Report »), permettant une traçabilité homogène des données d'élevage et de dépistage.Enfin, l'approche 4D — Détecter, Diagnostiquer, Décider, Documenter — illustre la démarche de gestion sanitaire intégrée et continue, essentielle à la transparence et à l'amélioration des pratiques.
Cet atelier vise à promouvoir une culture commune de la gestion sanitaire dans les animaleries aquatiques de recherche, en appui aux recommandations internationales et aux exigences de bien-être animal.
Pathogènes et bien-être animal
Bilan sanitaire des analyses menées par RESAMA sur la période 2012-2025
(15 min)Emmanuel MEUNIER, VETOFISHDepuis sa création en 2012, le Réseau d'Étude Sanitaire des Animaux Modèles Aquatiques (RESAMA) contribue à l'harmonisation du suivi sanitaire des animaleries aquatiques de recherche en France et en Europe.
Ce travail présente la synthèse des analyses menées entre 2012 et 2025 sur un total de 2 926 animaux issus de 37 animaleries de poissons et 18 d'amphibiens, représentant plus de 30 espèces, principalement Danio rerio et Xenopus laevis.
Les examens réalisés incluent autopsies complètes, histologie, bactériologie, antibiogrammes et analyses PCR ciblant les principaux agents pathogènes (Mycobacterium spp., Pseudoloma neurophilia, Batrachochytrium dendrobatidis, Ranavirus, Chlamydiaceae, etc.).
Malgré l'élargissement à de nouvelles espèces et l'identification de quelques agents émergents (Mycobacterium stomatepiae, M. szulgai), les taux d'infection demeurent globalement stables depuis 2019.
Ce bilan, soutenu par le GIS FC3R sur fonds Inserm (projet 22FC3R-003), illustre la pertinence d'un dispositif collaboratif pérenne associant vétérinaires, zootechniciens et chercheurs. Au-delà des aspects techniques, il met en évidence la nécessité d'une coordination continue pour consolider la surveillance sanitaire, harmoniser les protocoles de dépistage et favoriser l'amélioration du bien-être animal.
Pathogènes amphibiens et précautions à prendre lors des travaux sur le terrain
(15 min)Dirk SCHMELLER, CRBEDernières connaissances sur les différents agents pathogènes des amphibiens et les précautions à prendre lorsque l'on travaille avec des amphibiens sur le terrain.
Le microbiote cutané des amphibiens - rôle dans la protection contre les pathogènes et impact de la captivité
(15 min)Adeline LOYAU, CRBELes communautés microbiennes symbiotiques de l'hôte jouent un rôle physiologique prépondérant. Par exemple, le microbiote intestinal est impliqué dans de nombreuses fonctions comme la production d'énergie, la croissance et la protection contre les pathogènes. Le microbiote cutané est bien moins étudié et pourtant, il est tout aussi important, en particulier dans l'immunité. En nous basant sur les derniers développement de la recherche menée à l'interface de l'écologie microbienne et de l'écologie des maladies, nous utiliserons l'exemple des amphibiens pour présenter le principe d'Anna Karenine et l'hypothèse du microbiome adaptatif. Nous montrerons que les facteurs environnementaux sont capables de moduler les interactions entre l'hôte, le pathogène et le microbiote de l'hôte, et donc de moduler l'expression de la maladie. La captivité est un facteur environnemental d'intérêt particulier pour promouvoir la santé et le bien-être des individus, car elle peut altérer la diversité, la composition et donc la fonctionnalité du microbiote de l'hôte.
Raffinement des protocoles (2nd session)
Développement d'une technique non-invasive d'échantillonnage d'urine chez le poisson
(15 min)Stéphane BETOULLE, Université de Reims Champagne-ArdenneDans les domaines de l'écophysiologie et de l'écologie fonctionnelle ayant trait aux populations de poissons Téléostéens, il est important d'observer ces organismes dans la réalité complexe, hétérogène, de leurs milieux de vie écosystémique. L'éthique associée aux exigences de développer des projets d'observation des populations sur le long terme, requièrent l'usage de méthodologies d'obtention de données physio-pathologiques les moins stressantes possibles pour l'animal. Celles-ci passent par des stratégies d'échantillonnage simples, rapides et non invasives.
Un projet collaboratif nous a permis de définir un protocole de prélèvement d'urine chez deux espèces de Téléostéens, le bar commun (Dicentrarchus labrax) et la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). Les échantillons d'urine prélevés ont été analysés et validés par la combinaison de deux techniques à savoir des mesures d'osmolalité par nano-osmométrie associées à des observations en spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier. Mise au point en laboratoire, la méthode d'échantillonnage et d'analyse urinaire a ensuite été éprouvée dans le cadre d'une étude effectuée en milieu naturel chez l'espèce truite arc-en-ciel.
Cette technique a pu fournir des empreintes moléculaires reflétant l'état de stress des poissons. Elle devrait permettre d'améliorer nos connaissances de l'écophysiologie du stress du poisson en milieu naturel.
Echographie appliquée à la recherche aquacole
(15 min)Florent LALANNE, Ecosystèmes aquatiques et changements globauxL'échographie constitue une méthode d'imagerie non invasive largement utilisée en médecine humaine et vétérinaire, et qui connaît un développement croissant dans le domaine de l'expérimentation animale.
Appliquée aux poissons, elle permet notamment la détermination du sexe, le suivi de la maturation gonadique et l'évaluation de l'état physiologique des individus, tout en réduisant le recours à des méthodes invasives.
Elle constitue également un support essentiel notamment dans le secteur de la recherche pour la sélection des géniteurs et la gestion des programmes de conservation ou d'aquaculture, en fournissant des informations rapides et précises directement sur le terrain.
Communauté - Présentations de structures agréées (3ème session)
Présentation du laboratoire Stella Mare
(10 min)Mikaël DEMOLLIENS, Stella MarePrésentation de l'UAR 3514 CNRS Stella Mare
Approche 3R dans le choix d'un modèle (3ème session)
Le Bichir gris, un modèle original de transition vers la vie terrestre
(15 min)Aurélien DROUARD, Institut de Génomique Fonctionnelle, MontpellierLe Bichir gris, Polypterus senegalus, présente un position taxonomique clé pour comprendre les mécanismes évolutifs à l'origine de la colonisation du milieu terrestre. Seul représentant des actinoptérygiens capable de respirer à l'air libre à l'aide de ses poumons primitifs, il fait preuve d'une remarquable capacité d'adoption lorsqu'il est forcé à la vie terrestre.
Des travaux de recherches remarquables menés par le laboratoire d'Emily Standen (1) (Université d'Ottawa) ont permis de démontrer la plasticité musculo-squelettique en réponse à des conditions terrestres modérées. Cette plasticité musculo-squelettique associée à la position phylogénétique clé de cette espèce en tant que plus proche parent vivant du groupe de vertébrés ayant initié la transition évolutive vers la terre, ouvre la possibilité au sein de notre laboratoire d'utiliser P. senegalus comme un modèle unique pour comprendre les origines et les processus physiologiques de base impliqués dans la plasticité de l'automaticité cardiaque au passage entre la vie aquatique et la vie terrestre.
Impliquée dès le début de la collaboration entre l'Université d'Ottawa (E. Standen) et l'Institut de Génomique Fonctionnelle de Montpellier (M. Mangoni), la plateforme aquatique ZebKO élargie son champ de compétences et développe aujourd'hui ce nouveau modèle animal aquatique exceptionnel afin de le proposer aux équipes de l'IGF mais également à l'ensemble de la communauté scientifique.
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